Создаем пользователя под конкретное действие, устанавливаем в правах настройки пользователя соответствующие значения, например, галочку «Автозагрузка курсов валют при начале работы программы» для Бухгалтерии или «Загружать актуальные курсы валют при запуске системы» для УПП.
«C:\Program Files\1cv81\bin\1cv8.exe» enterprise /SServer-1C\1C-Work  /NAdmin /P12345 /Out»C:\Logi1C\log.txt» -NoTruncate /DisableStartupMessages